La polémica sobre la vacuna llegó a Madrid. Emilio Castelar habló en el Congreso a favor de la vacunación. El Ateneo también la apoyó. El Gobierno nombró una Comisión Nacional para el seguimiento de la eficacia de la vacuna de Ferrán.
Los antiferranistas seguían hostigando. Aprovecharon la circunstancias de que la vacuna era ineficaz contra los que ya estaban infectados y figuraban en las listas de los vacunados. El Gobierno nombró otra Comisión cuyos miembros no tenían ni la menor idea de bacteriología. Ésta emitió un dictamen negativo por influencia del ministro de la gobernación Romero Robledo, que era contrario a la vacuna. Se prohibió a Ferrán que siguiera vacunando y regresó a Tortosa.